A gyógyszerhatóság összeolvadása Müller Cecília által irányított Nemzeti Népegészségügyi Központtal nem csupán egy egyszerű összevonást jelentett, hanem inkább a gyógyszerhatóság beolvasztását. Ennek következtében a gyógyszerhatóság szenvedi meg a legnagyobb veszteségeket, ami tömeges felmondásokhoz vezetett. Az egyes részlegek alacsonyabb beosztásokba kerültek, és a gyógyszerészeti szakemberek nehezen találhatnak maguknak megfelelő munkahelyet az állami bérek és juttatások alapján.
Az új szervezetben a vezetőség jelentős részét lecserélték, ami tovább növelte az elégedetlenséget. Az OGYÉI erősebb, modernebb vezetési modellt alkalmazott, amit most egy gyengébb, rosszabbul fizetett és hierarchikusabb struktúrával rendelkező szervezetbe olvasztottak be. A digitalizált munkafolyamatokat sem vették át, ami
több feladatot jelentett kevesebb fizetésért.Az átalakítások, valamint Müller Cecília vezetői stílusa miatt több dolgozó is felmondott. Néhány esetben a problémát az okozta, hogy a szakmai döntéseket nem szakemberek hozták meg, hanem az országos tiszti főorvos. Emellett logisztikai nehézségek is jelentkeztek, például az Európai Gyógyszerügynökséghez utazó szakembereknek nehezen jutottak repülőjegyekhez, és a taxihasználat is korlátozott lett.
Az OGYÉI korábban kifejezte szakmai aggályait az orosz és kínai oltóanyagokkal kapcsolatban, de a szakmai döntéseket egy kormányrendelet korlátozta. Ez a gyakorlat később problémákat okozott, mivel kiderült, hogy például a kínai vakcina kevésbé hatékony a koronavírus ellen.
